琪琪（小芝风花饰演）是魔女柯琪莉（宫泽理惠饰演）和人类奥其诺（筒井道隆饰演）的女儿。在13岁的满月之夜出发前往没有魔女的城市修行一年，这是自古以来的规定，琪琪遵循这一规定，踏上了一个人的旅程。琪琪和她的小伙伴黑猫吉吉一起乘着扫帚，飞到了克里克这个被美丽的海洋包围着的城市。琪琪一眼就爱上了这个充满朝气的港口城市，决定在这里修行。
琪琪的落脚处，是与风车小屋相邻的Guchoki面包店。琪琪被面包的香味吸引前往，而出现在她眼前的，是面包店心地善良的老板娘索娜和她的丈夫福库沃（山本浩司饰演）。“要一直保持笑容哦”，妈妈的这句话琪琪一直铭记在心，她开始了“乘着扫帚飞向天空”的送货店。
第一个工作糟透了！琪琪接受少年蜻蜓（广田亮平饰演）的委托，得意洋洋地前往送货目的地，但蜻蜓其实只是为了研究飞天，想看琪琪飞天的样子而已……因为无心之事，两人的关系变得十分紧张。
由于第一个工作，琪琪非常地气馁，但因为某件事，琪琪的送货店引起了人们的关注。由于琪琪能在天空中自由地飞翔，她每天都接到很多委托。得意忘形的琪琪在小伙伴吉吉的告诫下，仍然过着快乐的修行日子。就在这时，克里克市发生了一件大事。为了解决这件事，需要琪琪的力量，但那时的琪琪却因为某件突发事故，不能飞了。无法飞上天空的琪琪的内心纠葛。城市里人们的不安和担心。琪琪究竟会怎么做呢？琪琪还能找回笑容，继续修行吗？