故事发生在战国时代。出生于普通忍者家庭的猪名寺 乱太郎为不负父母的厚望成为精英忍者而进入学忍术学校。在那里认识了富商的儿子福富 しんべヱ和战争中丧失父母的摄津の きり丸，并成为好友，组成了“三人组”。
每集内容主要讲述三位“忍蛋”（小忍者）在忍者学校所发生的趣事。电视系列剧曾先后在中国大陆、台湾、香港播映。忍术学校的目的是培养小忍者。在忍术学校里有不同学科的教授，性格各异的老师 ，高年级的天才忍者，女忍者，还有忍犬ヘムヘム，古怪的校长大川 平次 涡正，非常之热闹！乱太郎们三人组在上课和考试中常常失败，并且总是在问为什么，但他们仍坚持着并立志成为一流的出色忍者。
忍术学校的校长的变幻无常，总是作出奇奇怪怪的决定，因而发生了许多有趣的故事，乱太郎等也常卷入各种各样的事件。小忍者们充满正义感，面对任何困难都努力解决。《忍者乱太郎》是一部日本的动画影集，改编自尼子骚兵卫原作的漫画《落第忍者乱太郎》。