一封谜一般的恐吓信突然寄到了朝仓都知事手中....。次日在知事亲临剪彩现场的新地铁隧道中发生了爆炸！千钧一发之际，多亏了得知恐吓信之事的柯南，才避免了人员伤亡，但未能取知事姓名的犯人恐怕不会就此罢手。柯南调查了这位朝仓知事的背景后，推测出其在任国土交通大臣期间建造水坝的相关者中有人仍怀恨在心，便从这方面入手开始搜查。
五年前为了建造水坝，新泻县的北之泽村被沉入了湖底，村民们在附近重建了家园继续生活。在重建五周年纪念活动上，人们又纷纷聚集到了一起。犯人果真会在他们之中吗？
柯南在调查过程中，偶遇了五名男女，他们是时隔八年才重新聚首的儿时玩伴。八年前交通死亡事故的阴影，对建设水坝的不满，至今仍让嫉妒与怨恨在他们的心中纠结满.........。
而紧接着，在那场交通事故同日，在去看天鹅的途中不慎坠入悬崖的“少年”冬马在昏迷了八年之后终于睁开了眼睛。随着冬马关于事故当日的记忆逐渐恢复，危险也步步逼来.......。