这是一个男女逆转颠覆历史的宫闱故事。
正德六年，江户爆发只侵袭男人的奇特病疫，许多男人病死。男人的数量减为女人的四分之一。人口的失衡导致了男女地位的逆转。女人成为主要劳力，承担各种重要的职责，而男人则成了传宗接代的珍宝。
水野裕之进是一个依然执着追求武士道的青年。为了拯救穷困潦倒的旗本家，他决定斩断对意中人阿信的恋慕，进入“大奥”出人头地。
“大奥”是将军的后宫，为了延续德川家的血脉，女将军的大奥汇集了三千美男。这是世上最奢华的地方，同时也是最残酷的地方。男人只要踏入大奥就无法再回到外面的世界，为了争夺将军的宠爱，才貌兼备的男人们无日无夜地明争暗斗。凭着与生俱来的才能和性气，水野在大奥中涉险走过了一个又一个由野心和嫉妒布下的陷阱，渐渐站稳了脚跟。
第七代将军家继夭折，来自纪州的吉宗继任。性格强势的吉宗是一位富有智慧的女性。她忧心时局，果敢地进行改革。改革不仅针对政事，也波及了大奥。
吉宗初临大奥之日即将到来。世上最后一个充满侠气的男人水野与能够改变世界的女人吉宗在御铃廊邂逅。
大奥的百年历史滚滚而动，等待着人们的是无情的命运，还是真挚的爱恋？